Nacque nel tardo medioevo all'unione di alcuni borghi limitrofi tra cui Capriolo, che venne abbandonato, secondo la tradizione, a causa di un'invasione di termiti o formiche rosse. Il nome deriva dal termine “Peda nea”, cioè “guado” o “passaggio”, in riferimento al vicino torrente, accanto al quale sgorga la fonte Anthia. Alla fonte è legata la leggenda di Anthia, una ragazza che visse un'infelice storia d'amore: il suo innamorato dovette fuggire dal paese e fu creduto morto. Alla morte di lei, gli dei pietosi, la trasformarono in fonte affinchè scorrendo verso il mare potesse raggiungere l'amato. Conserva praticamente intatta la struttura di piccolo borgo cinquecentesco, al centro del quale si trova la chiesa parrocchiale risalente al XVIII sec.

Di maggior pregio architettonico è la vecchia parrocchiale di San Giovanni Battista, situata nei pressi del cimitero, accanto ai ruderi dell'antico abitato di Capriolo. Di origine trecentesca, possiede una facciata romanica a capanna e un campanile con base antica e sovrapposizione barocca. Sempre nel borgo un'ampia casa rurale con frantoio da olive, Casa Girardenghi, viene utilizzata come sede di mostre, manifestazioni e locali di studio per gli studenti della Facoltà di Architettura dell'Università degli Studi di Genova. Nella via centrale trovano sede l'associazione “Amici di Peagna”, che organizza ogni anno la “Rassegna Regionale dei Libri di Liguria” nonché la ricca biblioteca tematica “Libri di Liguria”.
Sulla via di accesso al borgo si trova il museo paleontologico “Silvio Lai”, inaugurato nel 2008 dopo i lavori di ristrutturazione e riallestimento del vecchio museo. La struttura è costituita da un percorso espositivo, una sala conferenze, una piccola biblioteca tematica e un laboratorio. Il museo espone parte della collezione comunale dei fossili provenienti dalla vicina Riserva regionale del Rio Torsero, risalenti al Pliocene inferiore (da 5,3 a 3,6 milioni di anni fa). Nell'area esterna un piccolo giardino botanico descrive l'evoluzione della flora terrestre dal paleozoico, regno delle felci, passando per il Mesozoico, con la comparsa delle prime conifere, al Cenozoico, la nostra epoca, dominata dalle angiosperme.